Unité de Coordination du Projet (UCP)
Elle assure la coordination, la gestion et participe au suivi et à l'évaluation du projet. Les directions du Ministère en charge de l'élevage impliquées assurent, à travers les responsables des composantes, la coordination technique des activités.
Comité National de Pilotage (CNP)
Le CNP est l'organe directeur et d'orientation du projet. Il se réunit tous les six mois pour examiner et valider le Plan de travail et le budget annuels (PTBA), ainsi que les rapports d'avancement, et s'assure de la réalisation des objectifs du projet.
Unité Régionale de Coordination (URC)
Basée au CILSS à Ouagadougou (URC-PRAPS-2-CILSS), elle assure la coordination de la mise en œuvre du projet au plan régional. En outre, chaque semestre, la Banque mondiale, en collaboration avec le CILSS et les pays bénéficiaires, effectue une mission conjointe d'appui à la mise en œuvre du PRAPS II.
